本研究科は、固有の自治権を持つ国立大学法人の連合によって構成された一つの独立した組織として形成されたものであり、研究科の日常的な業務統括及び構成大学間の調整には、研究科長及び副研究科長が当り、研究科の最終的な意思決定は、指導教員として発令された研究科教員で構成する連合農学研究科教授会が行う。
また、研究科の運営を円滑化するために各連合講座から選出された教授各１名、連合農学研究科長及び連合農学研究科副研究科長で組織する代議委員会、各構成大学研究科の農学研究科長、鹿児島大学農林水産学研究科長、農林水産学研究科副研究科長、構成大学研究科から選出された代議委員会委員１名、事務会議の委員長、連合農学研究科長及び連合農学研究科副研究科長で組織する運営会議等が置かれている。
更に、連合農学研究科は、構成法人間相互の緊密な連携協力の下に管理運営されることを前提としており、構成法人間の連絡調整を円滑に行うため、構成大学の学長、管理運営等担当の理事、事務担当責任者、農学部長、水産学部長並びに連合農学研究科長及び連合農学研究科副研究科長からなる構成法人連絡調整委員会が設けられている。
