本研究科では、平成21年度からそれまでの4専攻（生物生産科学、生物資源利用科学、生物環境保全科学、水産資源科学）から3専攻（生物生産科学、応用生命科学、農水圏資源環境科学）に改組した。

1.生物生産科学専攻
　 　農産物の生産向上と熱帯・亜熱帯資源の活用、農林水産物の流通及び国際政策、食料生産システムの構築、 品種改良及び新作物の創生並びに効率的な家畜生産において専門的な教育を行い、農水産業の発展に寄与できる、高度の専門的能力と豊かな学識を備えた人材を養成する。

2.応用生命科学専攻
　 生物資源の有効活用、未利用資源及び廃棄物の有効利用、食品の機能開発、食の安全管理、食と健康、先端的バイオサイエンス及びバイオテクノロジー並びに分子から個体に至る機能開発において専門的な教育を行い、農水産業の発展に寄与できる、高度の専門的能力と豊かな学識を備えた人材を養成する。

3.農水圏資源環境科学専攻
　 農水圏における食料資源環境の整備・保全、食料生産の向上及び貯蔵・輸送の効率化、農作物の 生物防御、森林環境の保全と資源保護並びに水産 資源及び環境の保全において専門的な教育を行い、 農水産業の発展に寄与できる、高度の専門的能力 と豊かな学識を備えた人材を養成する。