鹿児島大学大学院連合農学研究科は、日本の食料生産基地である九州・沖縄において、農水産業のさらなる発展を目指し、環境と調和した安定的な食料生産および技術革新を担う指導者の養成を目的に、佐賀大学、琉球大学と鹿児島大学が連合し、多彩な教員組織を構築して、研究施設及び設備も連合しながら教育研究体制を作り、社会・世界に貢献する博士を輩出する博士課程大学院である。
温帯から熱帯資源の生産・利用を中心に地域・国際農水産学、環境農水産学及び先端生命科学に関する高度の専門的能力と豊かな学識をそなえた研究者を養成し、斯学の進歩と農水産業および地域の発展に寄与することを目的とする。
また、社会人並びに外国人留学生、特に中国及び東南アジア等の諸国から農水産学系の留学生希望者を積極的に受け入れ、東アジアにおける農学の教育研究の中核となることを目的とするものである。