本研究科は、佐賀大学大学院農学研究科、鹿児島大学大学院農林水産学研究科、及び琉球大学大学院農学研究科の修士課程と附属施設を母体とし、これらと密接な連携のもとに運営されているが、それぞれの研究科とは別の独立した研究科であり、後期3年のみの博士課程である。